Yalnızca iletişim kuran kullanıcıların mesajları okuyabildiği bir iletişim yöntemidir.
Bir özel sağlayıcı var veya yok seçilen bir şifreleme sistemi ile iletişim sisteminde yolculuk eden verinin yalnızca iki iletişimci (gönderici ve alıcı) tarafından şifresinin çözülebilmesi ve mesajı okuyabilmesi anlamına gelir.
Bu yöntemin kullanımı sadece alıcı ve vericinin bildiği algoritmaların geliştirilmesiyle birlikte, mesajı taşıyanın yada ele geçirenin direkt okuyamayacağı şekilde kullanımı antik çağlara çağlara kadar dayanmasına rağmen son 10 yılda kabulleri değişmiştir.
Güncel beklenti iletişimi sağlayan kuruluşun dahi anahtara sahip olmamasıyla mesajı çözemeyeceği, sadece teslim ile vazifeli olduğu, şifreleme anahtarına sadece gönderici ve alıcının sahip olması şeklindedir.
Anlık mesajlaşma uygulamalarında işlem, güvenlik ve zorluk seviyelerine göre farklı ölçeklerde sunulmasıyla birlikte, diğer iletişim sistemleri üzerinde 2 taraflı eklenti ve anahtarın manuel taşındığı yöntemle de kullanılabilir.

Uçtan uca şifreleme ile taşıma katmanı şifreleme farklıdır. Uçtan uca şifreleme, mesajları sizden alıcınıza kadar korurken, taşıma katmanı şifrelemesi yalnızca seyahat ettikçe onları korur. Mesajlaşma servis sağlayıcınız (veya taradığınız web sitesi veya kullandığınız uygulama) mesajlarınızın şifrelenmemiş kopyalarını görebilir.

Temel olarak şifrelemenin iki temel çeşidi uygulanmaktadır. Simetrik-Asimetrik.
Asimetrik yöntemde üretilmiş, tek kullanımlık, rastlantısal yada ikili dize, bir genel anahtar alıcı ve göndericiler arasında kullanılırken, Simetrikte güçlü özel bir tek anahtara sahip olan uç noktaların çözümleyebilmesini sağlar.
Örnekleriyle simetrik; 3DES, AES, DES, RC5
asimetrik; RSA, DSA, PGP, SSH, TLS, IPsec, bitcoin

Bu yöntemin genel olarak yaygınlığı konusu ve asimetrik yöntemin dezavantajı şifreleme yönteminin karmaşıklığı ve işlem gücü gerektirmesi kaynaklıdır. Gönderici-alıcı tarafında da şifreleme-şifreyi çözme ve anahtarları anlaştırma, ekstra işlem gücü gerektirdiğinden iki tarafın kaynak tüketimi, işlem hızı ve sağlayıcı maliyetlerini büyük oranda değiştirmektedir.

https://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_cross-platform_instant_messaging_clients#Secure_messengers